Kelembagaan pemerintah daerah sangat dibutuhkan guna melaksanakan berbagai urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah baik berupa urusan wajib maupun urusan pilihan, disamping untuk membatu pelaksanaan urusan vertikal berupa tugas pembantuan. Konsekuensi dari perubahan-perubahan peraturan perundang-undangan di atas tentu diikuti dengan perubahan peraturan tentang kelembagaan (perangkat) pemerintah daerah. Dalam konteks Pemerintah Kabupaten Bantul telah melakukan perubahan atau penggantian peraturan kelembagaan daerah, menyusul perubahan-perubahan peraturan perudang-undangan pada level nasional. Peraturan yang terakhir adalah Perda Kabupaten Bantul Nomor 12 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, sebagaimana diubah dengan Perda Nomor 8 Tahun 2019.
Perda tersebut juga telah mengakomodasikan kepentingan pelaksanaan keistemewaan Daerah Istimewa Yogyakarta sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta. Demikian pula peraturan pelaksanaanya, yakni: (1) Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2013 tentang Kewenangan Dalam Urusan Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta, sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Daerah Istimewa Nomor 1 Tahun 2015; dan (2) Peraturan Daerah Istimewa Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 3 Tahun 2015 tentang Kelembagaan Pemerintah Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta.
Dalam konteks lokal Kabupaten Bantul, tentunya pembentukan dan susunan kelembagaan pemerintah daerah juga menyelaraskan dengan kepentingan pencapaian visi, misi, dan program daerah sebagaimana ditetapkan dalam RPJMD Kabupaten Bantul Tahun 2016-2021. RPJMD tersebut telah ditetapkan dengan Perda Bantul Nomor 11 Tahun 2016 tentang Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah Tahun 2016-2021. Adapun secara garis besar perda tersebut di atas mengatur kelembagaan Pemerintah Kabupaten Bantul, sehingga terbentuk perangkat daerah dengan susunan sebagai berikut:
- Sekretariat Daerah;
- Sekretariat DPRD;
- Inspektorat Daerah;
- Dinas sebagai penyelenggara urusan pemerintahan daerah, yang terdiri dari 19 Dinas;
- Badan sebagai pelaksana fungsi penunjang, yang terdiri dari 4 badan (termasuk di dalamnya Badan Kesatuan Bangsa dan Politik sebagai pelaksana ursan pemerintahan di bidang kesatuan bangsa dan politik).
- Kapanewon (kecamatan) yang terdiri dari 17 kapanewon;
- Unit Pelaksana Teknis (UPT) sebagai pelaksana sebagian kegiatan teknis operasional dan/atau teknis penunjang pada dinas dan badan, yang diatur lebih lanjut dengan Peraturan Bupati; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional pada perangkat daerah dan UPT yang diatur lebih lanjut dengan Peraturan Bupati.
Dalam perkembangan selanjutnya, ternyata Perda Nomor 12 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah sebagaimana diubah dengan Perda Nomor 8 Tahun 2019, telah mengindikasikan ketidak sesuaian dengan perkembangan situasi dan kondisi seperti: (1) tuntunan dan kebutuhan penyelenggaraan urusan pemerintahan daerah yang lebih produktif, efektif dan efisien; (2) beberapa peraturan pelaksanaan undang-undang pemerintahan daerah dan perangkat daerah yang muncul belakangan ini; (3) Keterbatasan kuantitas sumber daya manusia (ASN) yang salah satunya sebagai akibat kebijakan rasionalisasi melalui moratorium rekrutmen CPNS sejak tahun 2015; (4) Kebijakan Pemerintah Kabupaten Bantul mengenai penetapan kalurahan, sehingga perlu penyesuaian nomenklatur perangkat daerah yang membidangi urusan Kalurahan; dan (5) RSUD Panembahan Senopati yang belum berubah menjadi UPT Dinas Kesehatan sebagaimana ketentuan peraturan perundang-udangan.
Dari beberapa contoh permasalahan di atas, maka penataan kembali perangkat daerah Kabupaten Bantul melalui perubahan (penggantian) Perda Nomor 12 Tahun 2016 sebagaimana diubah dengan Perda Nomor 8 Tahun 2019 adalah keniscayaan. Untuk itu perlu dilakukan kajian (penyusunan naskah akademik) untuk memberikan landasan akademis yang cukup dan relevan dengan kebutuhan penataan kelembagaan (perangkat daerah) Pemerintah Kabupaten Bantul di masa mendatang. Dalam rangka penyusunan naskah akademik Rancangan Peraturan Daerah tentang Pembentukan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Bantul, maka Bagian Organisasi Setda Kabupaten Bantul menunjuk Program Magister Ilmu Pemerintahan STPMD “APMD” sebagai pihak ketiga untuk melaksanakan tugas tersebut dalam kontrak kerjasama selama 5 bulan berakihr tanggal 15 November 2020.